سامانیان بر سرزمینی پهناور از حدود غربی خراسان تا مرزهای ترکستان فرمان می‌راندند. این سرزمین را خراسان و ماوراءالنهر (= فرارود: آن سوی رود آمودریا) یا خراسان بزرگ یا مشرق می‌خواندند و شامل ۲۷ حوزه اداری (کوره و ناحیه) و به قولی سی ولایت بود. این ولایات اگرچه همه فرمانبردار و یاور سامانیان بودند، اما برخی مانند امیران سیستان و خوارزم و غَرچستان و جوزجان و بُست و غزنه و خُتّل تنها هدیه به پایتخت می‌فرستادند و خراج را خود مصرف می‌کردند.
بخارا پایتخت امیر سامانی، مهم‌ترین شهر ماوراءالنهر در مسیر سفلای رود سُغد (زرافشان کنونی) بود. این شهر اکنون در جنوب غربی جمهوری ازبکستان قرار دارد. مهم‌ترین ولایت قلمرو سامانیان، خراسان به مفهوم خاص بود که از آمودریا تا کویر نمک و کویر لوت امتداد داشت. حاکم خراسان، سپهسالار یا فرمانده کل اردوی سامانی نیز بود که در نیشابور می‌نشست. سامانیان سرداران نامی و بزرگان خاندان‌های قدیم را به این مقام می‌گماردند. آل محتاج، خاندان قراتکین و آل سیمجور در بیش‌تر ایام دولت سامانیان سپهسالاری و حکومت خراسان را به گونه‌ای موروثی در دست داشتند.