بدان‌که مختار ابو عبیده ثقفی از جمله مخلصان اهل بیت طاهرین و شیعیان امیرالمؤمنین(ع) بود. شیخ ابو جعفر بابویه در کتاب خود این اخبار را روایت کرده که روزی حضرت سید اوصیا جناب علی مرتضی در کوچه‌های مدینه می‌گذشت جمعی از کودکان با هم بازی می‌کردند، مختار در میان ایشان بود و بر میان سر گیسویی داشت. امیرالمؤمنین فرمود که این پسر کیست؟ عرض کردند پسر ابوعبیده. او را بخواند و به زانوی خود نشانید و دست مرحمت به روی او می‌مالید و می‌فرمود: «ای پسر من، کی باشد تو خون ما را از اعادی ما باز خواهی؟» در احادیث آورده‌اند که پسر مختار به خدمت امام محمدباقر(ع) آمد و سلام کرد. آن حضرت پس از جواب سلام او را به نزد خود جای دادند و فرمودند که تو از اهل بیت مایی. هرگاه ایمن باشیم تو ایمن باشی و چون ما خائف باشیم، تو خائف باشی. و از این اخبار در فضایل مختار بسیار است و جمعی در باب مختار می‌گویند که سید میرمحمد حنفیه را امام می‌دانسته است نه امام زین‌العابدین را، به غلط افتاده‌اند و این باب در باره او بهتان است، زیرا که مردم را به بیعت امام زین‌العابدین دعوت می‌فرمود، چنان که جناب شیخ جعفر طوسی(ره) که از کبار مجتهدین است از فضایل مختار بسیار در مؤلفات خود دارد و شیخ مفید در کتاب خود بسیاری از برای زیارت مختار، بر وجهی که کمال رتبت و اقتدار آن معلوم می‌شود، ذکر کرده. بلی چون‌که سید پسر امیرالمؤمنین است، به آن حضرت ارادت داشته و علمای دین گفته‌اند که عثمان یمانی گفت که چیزی از مال زکوة و اجناس خود به نزد امام محمدباقر علیه‌السلام بردم، جمعی در پیش آن حضرت بودند و نام مختار مذکور شد هر یک سخنی گفتند.